O Programa foi reconhecido pelo Conselho Federal de Educação (CFE) em 4 de agosto de 1990, tendo sido publicado no Diário Oficial em 22 de fevereiro de 1991. As linhas de pesquisa do Programa abrangiam as áreas de Química e de Bioquímica aplicadas às Ciências Agrárias. Entre a criação do PPAG (Mestrado) em 1983 e o ano de 2005, diversas alterações ocorreram no quadro de docentes do DEQ, modificando seu perfil acadêmico e científico. Com tais modificações o DEQ passou a contar com docentes que tinham formação básica nas áreas de Físico-química, Química Analítica, Química Inorgânica e Química Orgânica e suas pesquisas eram relacionadas às Ciências Agrárias. A Criação do PPAG – nível Doutorado – foi uma decorrência natural do investimento feito pela UFV e pelo DEQ nos anos que antecederam à proposta, bem como da experiência adquirida desde 1983 com a implantação do Mestrado. Foi também uma consequência natural do contexto no qual o DEQ encontrava-se inserido, uma vez que a UFV é uma Universidade com forte inserção na área de Ciências Agrárias. Em junho de 2006, a criação do Doutorado em Agroquímica foi recomendada pela Capes e, em setembro do mesmo ano, foram selecionados 4 candidatos que efetuaram suas matrículas em 9 de outubro de 2006. Desde então, O Programa já titulou mais de 200 doutores e mais de quinhentos mestres (dados de 2024). Cabe ressaltar que o PPAG, foi o primeiro curso de pós-graduação em Agroquímica criado no Brasil (1983) e hoje existem quatro cursos no total, dois em Minas Gerais oferendo mestrado e doutorado (UFV e UFLA), um no Espírito Santo em nível de mestrado (UFES-Alegre) e um em Goiás em nível de mestrado (Rio Verde). Seu corpo docente possui compatibilidade e adequação à Proposta do Programa, com formação e projetos de pesquisa em consonância com as áreas de concentração do Programa: Agroquímica Analítica; Agroquímica Orgânica ; Agroquímica Inorgânica e Físico-química. Nestas áreas de concentração são denvolvidas as linhas de pesquisa: Química Analítica para o Meio Ambiente, Agricultura e Alimentos, Energia, Química Verde e Materiais, Catálise Aplicada a Processos de Biorefinaria, Nanociência e Nanoengenharia Aplicadas à Agricultura, Síntese de Agroquímicos Produtos Naturais como Agroquímicos.