O Programa foi reconhecido pelo Conselho Federal de Educação (CFE) em 4 de agosto de 1990, tendo sido publicado no Diário Oficial em 22 de fevereiro de 1991. As linhas de pesquisa do Programa abrangiam as áreas de Química e de Bioquímica aplicadas às Ciências Agrárias. Entre a criação do PPAG (Mestrado) em 1983 e o ano de 2005, diversas alterações ocorreram no quadro de docentes do DEQ, modificando seu perfil acadêmico e científico. Com tais modificações o DEQ passou a contar com docentes que tinham formação básica nas áreas de Físico-química, Química Analítica, Química Inorgânica e Química Orgânica e suas pesquisas eram relacionadas às Ciências Agrárias. A Criação do PPAG – nível Doutorado – foi uma decorrência natural do investimento feito pela UFV e pelo DEQ nos anos que antecederam à proposta, bem como da experiência adquirida desde 1983 com a implantação do Mestrado. Foi também uma consequência natural do contexto no qual o DEQ encontrava-se inserido, uma vez que a UFV é uma Universidade com forte inserção na área de Ciências Agrárias. Em junho de 2006, a criação do Doutorado em Agroquímica foi recomendada pela Capes e, em setembro do mesmo ano, foram selecionados 4 candidatos que efetuaram suas matrículas em 9 de outubro de 2006. Desde então, O Programa já titulou mais de 200 doutores e mais de quinhentos mestres (dados de 2024). Em consonância com PDI-UFV 2018-2023 e com o preconizado no documento de área Ciências Agrárias I a missão do PPAG é formar professores, pesquisadores e profissionais com competências para atuar na área de química aplicada a ciências agrárias em Agroquímica Analítica, Agroquímica Orgânica e Agroquímica Inorgânica e Físico-química relacionados ao setor de agronegócios. As competências esperadas dos egressos do PPAG englobam o entendimento sobre as demandas científicas e tecnológicas da agricultura moderna, assim como do seu reflexo no agronegócio, envolvendo o empreendedorismo, a bioeconomia, economia circular e sustentabilidade. Além disso, o PPAG tem a missão de contribuir para a produção de conhecimento na área de Ciências Agrárias I envolvendo questões do estado de
Minas Gerais, regionais e globais.